Doktorarbeit/Promotion Schwerpunkt Data Science im Bereich Pharma Research & Early Development (m/w/d)

Job description

  Job facts

Ihr Arbeitsumfeld

In Kooperation mit dem „Institute of Computational Biology“ am Helmholtz Zentrum München bieten wir diese spannende Doktorandenstelle im Rahmen des „Munich Data Science Grad School Programms“ (https://www.mu-ds.de/). Sie haben hier die Möglichkeit, in einer kollaborativen und anregenden Forschungsumgebung am Roche Innovation Center Munich (RICM) innerhalb des Bereichs Pharma Research & Early Development (pRED) und dem Institut für Computational Biology (ICB) an der Helmholtz Universität zu promovieren.

Unsere Mission

Unser Ziel ist es, die neuartige Imaging Flow Cytometry-Technologie zu nutzen, die es ermöglicht, Zehntausende von Einzelzellen im Hochdurchsatz zu erfassen und Mehrkanalbilder von fluoreszierend markierten Komponenten und Eigenschaften der Zellen aufzunehmen. Mit Hilfe von Deep Convolutional Neural Networks (CNNs) wollen wir eine Methodik entwickeln, die von diesen mehrkanaligen Eingangsbildern bis hin zu quantitativen Auslesungen der immunologischen Synapsenbildung reicht und so die T- und B-Zellantwort verschiedener bispezifischer Antikörper vorhersagen kann.

Ihre Promotion

Ziel Ihrer Promotion ist es, Methoden aus den Bereichen des maschinellen und deep learning zu entwickeln und anzuwenden, um die Immunantwort verschiedener Antikörper zu verstehen und vorherzusagen, um letztendlich bei der Entwicklung von antikörperbasierten Medikamenten für immunbezogene Krankheiten einschließlich Krebs zu helfen.
Der Aufbau der immunologischen Synapse ist ein wesentliches Verfahren bei Immunreaktionen zur Übertragung von Signalen zwischen zwei Zellen und spielt eine wichtige Rolle bei der Manipulation von Zellreaktionen. Hier wollen wir verstehen, wie Immunantworten moduliert werden können, indem man verschiedene Oberflächenrezeptoren mit bispezifischen Antikörpern angreift und wie dies mit der Bildung von Immunsynapsen korreliert. Durch die Bindung an verschiedene molekulare Adressaten, die sich entweder in der Mitte, der Peripherie oder außerhalb der immunologischen Synapse befinden, wollen wir verstehen, wie die Lokalisation sowie verschiedene Formate der bispezifischen Antikörper die Aktivierung der T- und B-Zellen beeinflussen.

Ihre Aufgaben

Im Rahmen Ihrer Promotion werden Sie Ihre Expertise in Computer Vision, Deep Learning und Machine Learning sowie deine starken Kommunikationsfähigkeiten in folgenden Aufgaben einfließen lassen:

·  Zusammenarbeit und Koordination mit akademischen und industriellen Mentoren zur Erforschung der Modulation der Immunantwort.
·  Entwicklung und Anwendung von Methoden des Deep Learning, um zu verstehen und vorherzusagen, wie Immunantworten durch die gezielte Anwendung verschiedener Oberflächenrezeptoren moduliert werden können.
·  Prototypisierung, Implementierung, Dokumentation und Test der entwickelten Algorithmen, Modelle und Bildverarbeitungsansätze.
·  Etablieren und integrieren Sie Modelle in bestehende Automatisierungssysteme, damit Wissenschaftler die entwickelte Methodik in realen Projekten nutzen können.
·  Zusammenarbeit mit Immunologen, Biologen und Datenwissenschaftlern, um Ergebnisse zu kommunizieren und zu verstehen, wie man Daten interpretiert.
·  Präsentation auf internationalen Konferenzen und Veröffentlichung in peer-reviewten Zeitschriften.

Ihr Profil

·  Sie schauen auf ein erfolgreich abgeschlossenes Master-Studium in Biostatistik, Bioinformatik, Physik, Informatik oder anderen verwandten Studiengängen zurück.
·  Sie verfügen über ausgezeichnete Programmierkenntnisse und beherrschen mindestens eine der folgenden Sprachen: Python, R, Matlab.
·  Im Bereich „Machine Learning“ sowie im Umgang mit Deep Learning Frameworks (Tensorflow, Torch, Keras o. Ä.) konnten Sie bereits erste Erfahrungen in der Praxis sammeln.
·  Kenntnisse in „Computer-Vision“ sind von Vorteil.
·  Sie haben Erfahrung im Arbeiten mit Datenbanken sowie SQL und sind sicher im Aggregieren, Manipulieren und der Pivotisierung von Datentabellen.
·  Sie haben eine Leidenschaft für die Visualisierung von Daten und verstehen es, Ihre Ergebnisse professionell zu präsentieren.
·  Ein Hintergrund in der Molekular- und Zellbiologie mit Schwerpunkt Immunologie ist von Vorteil.
·  Ihr starker Teamgeist zeichnet Sie besonders aus und das Arbeiten in einem internationalen Umfeld bereitet Ihnen Freude.
·  Sie haben Lust darauf, interdisziplinär zu arbeiten und neue Fachgebiete zu erlernen und zu erforschen.
·  Ausgezeichnete Englischkenntnisse in Wort und Schrift runden Ihr Profil ab.

Ihre Bewerbung

Ganz pragmatisch: Bitte laden Sie Ihren Lebenslauf online hoch. Zum aktuellen Zeitpunkt benötigen wir keine weiteren Dokumente, wie Motivationsschreiben, Zeugnisse oder Ähnliches.

Wir freuen uns auf Deine Bewerbung!

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E. Moosmang +49 8856/60 2567

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·  Who we are

Die Roche Diagnostics GmbH (RDG) ist mit mehr als 12.000 Mitarbeitern der drittgrößte Standort im Konzern. Neben den Vertriebsorganisationen in Deutschland (Roche Pharma AG und Roche Diagnostics Deutschland) fokussiert die RDG auf das operative Geschäft. In den beiden Standorten Mannheim und Penzberg werden neue diagnostische Tests und pharmazeutische Wirkstoffe für den weltweiten Markt entwickelt und produziert.

Roche ist ein Arbeitgeber, der die Chancengleichheit fördert.