Biologiste moléculaire et de terrain

Description de l'offre

MEXIQUE(Mérida - CIR-UADY)
du01 septembre 2020au01 septembre 2021(pour12mois)
ETABLISSEMENT :Institut de Recherche pour le Développement
REMUNERATION MENSUELLE :2458€ (indemnité non contractuelle fixée par décret et arrêté, dont le montant peut varier notamment en
fonction de l’évolution du barème de référence, de la localisation de la mission et des cas d’abattements prévus par les textes)

Au sein de l’Unité Mixte de Recherche 177 – INTERTRYP Interactions hôte-vecteur-parasite-environnement dans les maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatidés. Les travaux de recherche de l'UMR Intertryp portent sur les interactions établies par les trypanosomatidés chez les deux hôtes dont dépend leur pérennité, un insecte vecteur– et un mammifère (homme ou animal, victime de la maladie et/ou réservoir de parasites), afin d'améliorer les moyens de contrôle et de lutte contre ces maladies pour aller vers leur élimination : trypanosomiase humaine africaine (THA ou maladie du sommeil), trypanosomiase américaine (maladie de Chagas), trypanosomoses animales africaines (TAA) et trypanosomoses non transmises par les tsé-tsé (NTTAT), leishmanioses humaines et animales

Contexte
L’axe majeur de recherche de l’UMR IRD-Cirad INTERTRYP concerne l’éco-épidémiologie des maladies tropicales négligées dues aux trypanosomatidés, et la lutte contre leur transmission. Dans ce contexte, l’UMR abrite notamment des recherches dont le but est de mieux connaitre les cycles de transmission de Trypanosoma cruzi, agent étiologique de la maladie de Chagas, et comprendre leur dynamique, afin d’adapter des stratégies de lutte efficaces contre la transmission, avec une approche intégrale One Health/Ecosanté. L’UMR développe des activités dans le sud-est mexicain à travers une collaboration avec l’Université du Yucatán, où l’un de ses chercheurs dirige plusieurs projets. Le VIA sera partie intégrante de ces projets qui visent, à l’aide d’une approche innovante de métagénomique ciblée, à identifier les interactions entre la diversité génétique de Triatoma dimidiata (principal vecteur de T. cruzi dans la région), la diversité génétique du parasite qui l’infecte, ses hôtes sanguins, la composition de son microbiome intestinal, et l’environnement, afin d’élucider avec une précision inégalée les cycles de transmission de la maladie de Chagas dans le sud-est mexicain. Les données obtenues sont alors intégrées dans des modèles mathématiques de transmission de T. cruzi afin de comprendre la dynamique des cycles de transmission, et de proposer des stratégies de contrôle de la transmission innovantes.

Mission
Le/la volontaire aura comme mission d’assurer au Mexique un travail d’appui, d’accompagner et de poursuivre les recherches et travaux en cours dans le cadre de ces projets.
Il/elle interagira avec les différents chercheurs et étudiants (niveau License à Doctorat) de l’équipe en place pour consolider les différents aspects des projets en cours, à travers la mise en oeuvre et la participation au travail de terrain, de laboratoire, l’analyse des données, et la production de résultats scientifiques.

Activités
Assurer un appui technique et participer au travail de terrain (collecte des insectes vecteurs et création des bases de données correspondantes).
Assurer un appui technique et réaliser le travail de laboratoire, incluant dissection des insectes collectés, extraction d’ADN, amplification par PCR de marqueurs d’intérêt pour l’approche de métagénomique ciblée.
Analyser les séquences obtenues sur des plateformes de séquençage massif, à l’aide d’outils bio-informatiques.

Compétences
Connaissances générales en entomologie, parasitologie, écologie, et/ou biostatistiques.
Expérience de travail de terrain et de laboratoire.
Expérience d’utilisation d’outils bioinformatiques.
Titulaire d’un permis de conduire.

Aptitudes
Capacité d’adaptation dans une équipe pluridisciplinaire et pluriculturelle
Autonomie
Conditions physiques permettant des séjours en milieu rural/forestier chaud et humide

Environnement
Le poste est basé à Mérida, dans le Sud-Est mexicain, au Centre de Recherches Dr. Hideyo Noguchi de l’Université Autonome
du Yucatán. Il comporte une partie terrain qui implique une bonne capacité à évoluer en milieu chaud et humide, en zones
rurales et en forêt. Les missions de terrain impliquent plusieurs jours de déplacement avec un rythme de travail soutenu, et des conditions d’accès aux services de bases parfois compliqués