Stage Master Recherche en Métabolomique H/F
Stage Évry (Essonne) Développement informatique
Description de l'offre
Détail de l'offre
Informations générales
Entité de rattachement
Le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA) est un organisme public de recherche.Acteur majeur de la recherche, du développement et de l'innovation, le CEA intervient dans le cadre de ses quatre missions :
. la défense et la sécurité
. l'énergie nucléaire (fission et fusion)
. la recherche technologique pour l'industrie
. la recherche fondamentale (sciences de la matière et sciences de la vie).
Avec ses 16000 salariés -techniciens, ingénieurs, chercheurs, et personnel en soutien à la recherche- le CEA participe à de nombreux projets de collaboration aux côtés de ses partenaires académiques et industriels.
Référence
2019-11537Description de l'unité
Le Genoscope/ CNRGH est un acteur principal de la génomique en France, en particulier pour le développement du séquençage massif d'ADN et des techniques d'analyses bio-informatiques. Il s'attache principalement au développement de projets de génomique environnementale pour l'exploration de la biodiversité. L'Unité Mixte de Recherche Génomique Métabolique qui lui est associée conduit des projets pluridisciplinaires de recherche fondamentale, qui s'appuient sur des compétences clés en bio-informatique, biocatalyse, ingénierie métabolique, enzymologie et métabolomique. Au sein de l'UMR, le Laboratoire de Génomique et Biochimie du Métabolisme s'intéresse particulièrement à l'interprétation fonctionnelle des génomes procaryotes et explore les réactions chimiques du vivant avec un objectif fondamental majeur : la compréhension approfondie du métabolisme des procaryotes.
Le Genoscope rassemble une centaine de salariés permanents et une cinquantaine de salariés non permanents (CDD, doctorants, post-doctorants, stagiaires).
Description du poste
Domaine
Biologie, biophysique et biochimie
Contrat
Stage
Intitulé de l'offre
Stage Master Recherche en Métabolomique H/F
Sujet de stage
Détermination de la fonction d'enzymes orphelines par une approche métabolomique (LC/MS) chez la bactérie Acinetobacter baylyi ADP1.
Durée du contrat (en mois)
6
Description de l'offre
Au sein du Laboratoire de Génomique et Biochimie du Métabolisme, vous serez en charge de mettre en évidence des fonctions d’enzymes orphelines par une approche métabolomique (LC/MS) chez la bactérie modèle du laboratoire,Acinetobacter baylyiADP1 (ADP1).
Vous utiliserez le métabolome d’ADP1 comme une bibliothèque de substrats pour ses enzymes de fonction inconnue. Il s’agira d’extraire le métabolome de la souche sauvage d’ADP1 et ensuite d’y incuber chaque enzyme candidate purifiée. Pour chaque enzyme, l’analyse comparative (par LC/MS) du métabolome incubé en présence et en absence de l’enzyme permettra de suivre les variations des signaux (m/z) correspondant au substrat (diminution de l’intensité du signal) et au produit (apparition/augmentation de l’intensité du signal). La détection des changements dans le spectre de masse sera facilitée par l’utilisation du logiciel libre XCMS. La masse précise des ions détectés sera ensuite utilisée pour interroger des bases de données de métabolites (KEGG et Metlin) afin de leur proposer une identité. Cette identité sera finalement confirmée en comparant leur temps de rétention sur la colonne chromatographique, leur masse précise ainsi que leur profil de fragmentation (MSⁿ) avec ceux de composés de référence. L’identification des substrats et des produits des réactions enzymatiques permettra in fine d’établir la fonction des protéines impliquées.
Moyens / Méthodes / Logiciels
Word, Excel
Profil recherché
Profil du candidat
Vous souhaitez mettre en pratique vos apprentissages théoriques et recherchez un stage conventionné d'une durée de 6 mois, débutant en février/mars 2020. Vous appréciez le travail en laboratoire et avez de solides connaissances en biochimie, enzymologie et chimie analytique.
Vous faites preuve de rigueur, d'un bon sens de l'analyse, d'esprit d'équipe et d'autonomie.
Vous maitrisez les logiciels de bureautique (Word, Excel) et rédigez avec aisance.